The Ten Most Wanted Solutions in Protein Bioinformatics

Author: Anna Tramontano

Publisher: CRC Press

ISBN: 1420035002

Category: Mathematics

Page: 216

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Utilizing high speed computational methods to extrapolate to the rest of the protein universe, the knowledge accumulated on a subset of examples, protein bioinformatics seeks to accomplish what was impossible before its invention, namely the assignment of functions or functional hypotheses for all known proteins. The Ten Most Wanted Solutions in Protein Bioinformatics considers the ten most significant problems occupying those looking to identify the biological properties and functional roles of proteins. - Problem One considers the challenge involved with detecting the existence of an evolutionary relationship between proteins. - Two and Three studies the detection of local similarities between protein sequences and analysis in order to determine functional assignment. - Four, Five, and Six look at how the knowledge of the three-dimensional structures of proteins can be experimentally determined or inferred, and then exploited to understand the role of a protein. - Seven and Eight explore how proteins interact with each other and with ligands, both physically and logically. - Nine moves us out of the realm of observation to discuss the possibility of designing completely new proteins tailored to specific tasks. - And lastly, Problem Ten considers ways to modify the functional properties of proteins. After summarizing each problem, the author looks at and evaluates the current approaches being utilized, before going on to consider some potential approaches.

Handbook of Hidden Markov Models in Bioinformatics

Author: Martin Gollery

Publisher: CRC Press

ISBN: 1420011804

Category: Science

Page: 176

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Demonstrating that many useful resources, such as databases, can benefit most bioinformatics projects, the Handbook of Hidden Markov Models in Bioinformatics focuses on how to choose and use various methods and programs available for hidden Markov models (HMMs). The book begins with discussions on key HMM and related profile methods, including the HMMER package, the sequence analysis method (SAM), and the PSI-BLAST algorithm. It then provides detailed information about various types of publicly available HMM databases, such as Pfam, PANTHER, COG, and metaSHARK. After outlining ways to develop and use an automated bioinformatics workflow, the author describes how to make custom HMM databases using HMMER, SAM, and PSI-BLAST. He also helps you select the right program to speed up searches. The final chapter explores several applications of HMM methods, including predictions of subcellular localization, posttranslational modification, and binding site. By learning how to effectively use the databases and methods presented in this handbook, you will be able to efficiently identify features of biological interest in your data.

Introduction to Bioinformatics

Author: Anna Tramontano

Publisher: CRC Press

ISBN: 1351989413

Category: Science

Page: 192

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Guiding readers from the elucidation and analysis of a genomic sequence to the prediction of a protein structure and the identification of the molecular function, Introduction to Bioinformatics describes the rationale and limitations of the bioinformatics methods and tools that can help solve biological problems. Requiring only a limited mathematical and statistical background, the book shows how to efficiently apply these approaches to biological data and evaluate the resulting information. The author, an expert bioinformatics researcher, first addresses the ways of storing and retrieving the enormous amount of biological data produced every day and the methods of decrypting the information encoded by a genome. She then covers the tools that can detect and exploit the evolutionary and functional relationships among biological elements. Subsequent chapters illustrate how to predict the three-dimensional structure of a protein. The book concludes with a discussion of the future of bioinformatics. Even though the future will undoubtedly offer new tools for tackling problems, most of the fundamental aspects of bioinformatics will not change. This resource provides the essential information to understand bioinformatics methods, ultimately facilitating in the solution of biological problems.

Mathematical Models of Plant-Herbivore Interactions

Author: Zhilan Feng,Donald DeAngelis

Publisher: CRC Press

ISBN: 1351650173

Category: Mathematics

Page: 231

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Mathematical Models of Plant-Herbivore Interactions addresses mathematical models in the study of practical questions in ecology, particularly factors that affect herbivory, including plant defense, herbivore natural enemies, and adaptive herbivory, as well as the effects of these on plant community dynamics. The result of extensive research on the use of mathematical modeling to investigate the effects of plant defenses on plant-herbivore dynamics, this book describes a toxin-determined functional response model (TDFRM) that helps explains field observations of these interactions. This book is intended for graduate students and researchers interested in mathematical biology and ecology.

Structural bioinformatics

an algorithmic approach

Author: F. J. Burkowski

Publisher: Chapman & Hall


Category: Computers

Page: 406

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As the field of bioinformatics grows, the progression of topics in the field reflects separate concerns for sequence data and structure data. This book presents key algorithms - some developed within the artificial intelligence community - and their applications to problems in structural biology and drug discovery.


A Practical Approach

Author: Shui Qing Ye

Publisher: Chapman and Hall/CRC


Category: Mathematics

Page: 618

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An emerging, ever-evolving branch of science, bioinformatics has paved the way for the explosive growth in the distribution of biological information to a variety of biological databases, including the National Center for Biotechnology Information. For growth to continue in this field, biologists must obtain basic computer skills while computer specialists must possess a fundamental understanding of biological problems. Bridging the gap between biology and computer science, Bioinformatics: A Practical Approach assimilates current bioinformatics knowledge and tools relevant to the omics age into one cohesive, concise, and self-contained volume. Written by expert contributors from around the world, this practical book presents the most state-of-the-art bioinformatics applications. The first part focuses on genome analysis, common DNA analysis tools, phylogenetics analysis, and SNP and haplotype analysis. After chapters on microarray, SAGE, regulation of gene expression, miRNA, and siRNA, the book presents widely applied programs and tools in proteome analysis, protein sequences, protein functions, and functional annotation of proteins in murine models. The last part introduces the programming languages used in biology, website and database design, and the interchange of data between Microsoft Excel and Access. Keeping complex mathematical deductions and jargon to a minimum, this accessible book offers both the theoretical underpinnings and practical applications of bioinformatics.

Produktionsfaktor Mathematik

Author: Martin Grötschel,Klaus Lucas,Volker Mehrmann

Publisher: Springer-Verlag

ISBN: 3540894357

Category: Mathematics

Page: 480

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Mathematik trägt immer stärker zur Produktentwicklung und Produktionssicherheit, zur Wertschöpfung und Ressourcenschonung bei. Das Buch erörtert in verschiedenen ingenieurwissenschaftlichen Themenfeldern das Verhältnis von Mathematik und Technikwissenschaften, den Beitrag der Mathematik zur industriellen Wertschöpfung und die Schlüsselrolle der Mathematik bei der Beherrschung komplexer Systeme. Gleichzeitig schlagen die Autoren Maßnahmen zur Verbesserung der Interaktion zwischen Mathematik und Technikwissenschaften, Forschung und Industrie vor.

Eine kleine Geschichte des Lächelns

Author: Angus Trumble

Publisher: Spektrum Akademischer Verlag

ISBN: 9783827416643


Page: 272

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Was ist ein Lacheln? Ein unwillkurlicher Reflex? Ein Paarbindungssignal? Oder nur der Standardzustand der Gesichtsmuskulatur? Wie funktioniert Lacheln? Und was bedeutet es? Vom erleuchteten Gesichtsausdruck des Heiligen Buddha bis zum lusternen Grinsen des "Huhnergrapschers" im Holland des 17. Jahrhunderts, vom Geheimnis der Mona Lisa bis zur Grinsekatze aus Alice im Wunderland, vom Sittlich-Keuschen bis zum Derb-Geschmacklosen prasentiert Angus Trumble aufschlussreiche Einsichten in die kulturelle, physiologische, kunstlerische und literarische Geschichte des universellsten aller menschlichen Ausdrucke, des Lachelns. Seit Beginn der Zivilisation hat das Lacheln eine verwirrende Fulle an Bedeutungen durchlaufen, das von hochster Entruckung uber die helle Freude bis zum kuhlen, makellosen Lacheln der Sprecher im Fernsehen reicht. Ob hinterlistig oder unzuchtig, freundlich oder boshaft, ungezogen oder hoflich, ob Grinsen oder Zahnefletschen - all diese Ausdrucksformen beruhen auf einem gemeinsamen physiologischen Prozess. Angus Trumble verbindet in seinem Buch Gelehrtheit, Witz und Charme zu einem erhellenden Bericht uber die Kunst des Lachelns im weitesten Sinne. Seine Bildbeispiele reichen dabei von den Gemalden des 19. Jahrhunderts bis zur Zahnpasta-Reklame unserer Tage. Lacheln uberschneidet sich mit zahlreichen grundlegenden Aspekten der menschlichen Erfahrung wie Gluck, Liebe, Sex, Demut und Verderbtheit - ganz zu schweigen von Lippenstift und kosmetischer Chirurgie. Es gibt Fragen uber Fragen: Warum lacheln wir? Lachelt nur der Mensch? Ab wann benutzen Babys Lacheln als Kommunikationsmittel? Wie kommt und geht das Lacheln in der Mode? Wer erfand eigentlich das Smiley-Emotikon? (Es war nicht Forrest Gump.) Warum sagen die Englander und Deutschen "cheese," die Danen "appelsin" (Orange), die Finnen "muikku" (eine Fischsorte) und die Koreaner "kim chi" (Chinakohl)? Und was steht wirklich hinter dem ratselhaftem Lacheln der Mona Lisa, das uns immer noch fasziniert? Eine kleine Geschichte des Lachelns ist nicht nur eine zugleich spielerische und gelehrte Untersuchung der unwillkurlichsten Muskelkontraktion, zu der unser Korper fahig ist, sondern wirft auch verbluffende Schlaglichter auf uns Menschen als "soziale Tiere."

Struktur Und Interpretation Von Computerprogrammen/ Structure and Interpretation of Computer Programs

Eine Informatik-einfhrung/ a Computer Science Introduction

Author: Harold Abelson,Julie Sussman,Gerald Jay Sussman

Publisher: Springer

ISBN: 9783540423423

Category: Computers

Page: 682

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Die Übersetzung der bewährten Einführung in die Informatik, entstanden am Massachusetts Institute of Technology (MIT), wird seit Jahren erfolgreich in der Lehre eingesetzt. Schritt für Schritt werden Konstruktion und Abstraktion von Daten und Prozeduren dargestellt. Von der Modularisierung bis zum Problemlösen mit Registermaschinen werden verschiedene Programmierparadigmen entwickelt und die effektive Handhabung von Komplexität gezeigt. Als Programmiersprache wird SCHEME verwendet, ein Dialekt von LISP. Alle Programme laufen in jeder dem IEEE-Standard entsprechenden SCHEME-Implementierung.

Das fünfte Wunder

Auf der Suche nach dem Ursprung des Lebens

Author: Paul Davies

Publisher: S. Fischer Verlag

ISBN: 3105607579

Category: Self-Help

Page: 320

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Paul Davies gibt einen genauen und abwägenden Überblick über die vorhandenen Modelle der Entstehung des Lebens und fügt eine weitere, gut belegte Hypothese hinzu, nämlich die der Lebensentstehung fern von der Erde. (Dieser Text bezieht sich auf eine frühere Ausgabe.)


Author: Johannes Köbberling,Caroline R. Pickardt

Publisher: Springer-Verlag

ISBN: 3642883133

Category: Medical

Page: 211

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Collected papers

Author: Emil Artin

Publisher: Springer


Category: Mathematics

Page: 560

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Physiologie der Haustiere

Author: Wolfgang von Engelhardt,Gerhard Breves,Martin Diener,Gotthold Gäbel

Publisher: Georg Thieme Verlag

ISBN: 383041269X

Category: Medical

Page: 676

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Alle Facetten der Physiologie von A wie Atmung - über R wie Reproduktion - bis hin zu Z wie Zellphysiologie. Mit diesem Lehrbuch bleibt keine Frage offen. Neu in der 5. Auflage: - Neues didaktisches Konzept - noch schneller erfassen, was Basiswissen ist, und welche wichtigen Fakten unbedingt verstanden sein müssen - Neu gegliedert nach Organsystemen und funktionellen Gesichtspunkten - komplexe physiologische Vorgänge leichter einordnen und verstehen - Komplett neue Konzeption mehrerer Kapitel sowie Aufnahme neuer Themen z. B. "Bedeutung des Fettgewebes" und "biologische Rhythmen"

Python kurz & gut

Author: Mark Lutz

Publisher: O'Reilly Germany

ISBN: 3955617718

Category: Computers

Page: 280

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Die objektorientierte Sprache Python eignet sich hervorragend zum Schreiben von Skripten, Programmen und Prototypen. Sie ist frei verfügbar, leicht zu lernen und zwischen allen wichtigen Plattformen portabel, einschließlich Linux, Unix, Windows und Mac OS. Damit Sie im Programmieralltag immer den Überblick behalten, sind die verschiedenen Sprachmerkmale und Elemente in Python – kurz & gut übersichtlich zusammengestellt. Für Auflage 5 wurde die Referenz komplett überarbeitet, erweitert und auf den neuesten Stand gebracht, so dass sie die beiden aktuellen Versionen 2.7 und 3.4 berücksichtigt. Python – kurz & gut behandelt unter anderem: Eingebaute Typen wie Zahlen, Listen, Dictionarys u.v.a.; nweisungen und Syntax für Entwicklung und Ausführung von Objekten; Die objektorientierten Entwicklungstools in Python; Eingebaute Funktionen, Ausnahmen und Attribute; pezielle Methoden zur Operatorenüberladung; Weithin benutzte Standardbibliotheksmodule und Erweiterungen; Kommandozeilenoptionen und Entwicklungswerkzeuge. Mark Lutz stieg 1992 in die Python-Szene ein und ist seitdem als aktiver Pythonista bekannt. Er gibt Kurse, hat zahlreiche Bücher geschrieben und mehrere Python-Systeme programmiert.

Gentechnologie für Einsteiger

Author: Terence A. Brown

Publisher: Springer

ISBN: 9783827413024


Page: 409

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T. A. Browns "Gentechnologie fA1/4r Einsteiger" hat sich in mehreren Auflagen international als StandardeinfA1/4hrung in die Genklonierung und DNA-Analyse etabliert. Das Grundlagenlehrbuch setzt nur wenig Kenntnisse in Molekularbiologie und Genetik voraus und erlAutert in klarer Sprache sowohl die fundamentalen Prinzipien der wichtigsten gentechnologischen Methoden als auch die immer breiter werdende Palette ihrer Anwendungen. Die groAe Bedeutung der Gentechnologie fA1/4r die Grundlagenforschung und fA1/4r neue Entwicklungen in Biotechnologie und Medizin wird klar herausgearbeitet. Aoeber 250 zweifarbige Illustrationen erleichtern das VerstAndnis des Stoffes und machen die Konzepte und Arbeitstechniken der Gentechnologen anschaulich. Die neue Auflage ist vollstAndig A1/4berarbeitet und enthAlt zwei neue Kapitel. Eines prAsentiert die Methoden, mit denen man ganze Genome sequenziert, und beschreibt, was man aus den gewonnenen Sequenzinformationen ablesen kann. Das zweite widmet sich den Anwendungen der Gentechnologie in der Gerichtsmedizin - ein spannendes und aufschlussreiches Beispiel des Einsatzpotenzials der DNA-Analyse. Der groAen Bedeutung der Polymerasekettenreaktion (PCR) entsprechend wird diese Technik jetzt in einem frA1/4hen Abschnitt des Buches behandelt und durchgehend stArker berA1/4cksichtigt.

Organographie der Pflanzen

insbesondere der Archegoniaten und Samenpflanzen

Author: Karl Goebel

Publisher: N.A


Category: Botany

Page: 1789

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